En septembre 1940, l'empire du Japon fait passer ses forces armées à travers toute l'Indochine française, suivant l'accord passé avec l'État français de Vichy. La France n'a alors pas les moyens de résister et l'amiral Decoux, nommé gouverneur général par le gouvernement de Vichy, doit accepter la présence du Japon en Annam. Bảo Đại soutient le maréchal Pétain et délaisse de plus en plus ses responsabilités politiques, se réfugiant dans la chasse. Le 9 mars 1945, l'armée impériale japonaise réalise un coup de force dans toute l'Indochine française et prend le pouvoir des mains de l'administration coloniale française. La fin du protectorat et l'état de siège sont proclamés. Le 11 mars, Bảo Đại donne lecture d'un acte d'indépendance de l'Annam et du Tonkin, au sein de l’Empire du Việt Nam.
Le 14 août, il annonce l'annexion de la Cochinchine, colonie française, à son royaume, réunifiant ainsi le Việt Nam. Dès le 15, cependant, le gouvernement japonais, à la suite notamment des bombardements atomiques de Hiroshima et Nagasaki, annonce son intention de capituler. Bảo Đại n'est plus protégé par les Japonais : le 17, le Việt Minh jette à bas les couleurs impériales et, le 19, le gouvernement révolutionnaire est proclamé dans le palais du résident général. Le 25 août 1945, Bảo Đại est contraint d'abdiquer.