Le système d'écriture du khmer est alphasyllabique (voir Alphasyllabaire khmer).
L'alphabet khmer possède 33 consonnes et 23 voyelles (ou 24 suivant les auteurs). Mais la langue parlée possède beaucoup plus de voyelles (au sens khmer) ; pour remédier à cela et sans augmenter le nombre de caractères les créateurs ont eu recours à une astuce.
Chaque consonne appartient à l'une des deux séries : légère ou lourdes. Si une voyelle est associée à la première série (ou 1er registre) elle produit un certain son et si elle est associée à la deuxième série (ou 2e registre) elle produit un autre son. Ainsi les voyelles ont deux prononciations possibles (sauf 2 ou 3 qui conservent la même sonorité dans les deux cas).
La plupart des consonnes (12) sont doublées (12x2=24), mais pas toutes (33-24=9). Des signes diacritiques sont utilisés pour changer de registre et permettent ainsi de d'offrir toutes les possibilités de ce système.
Quand aucune voyelle n'est associée à la consonne, le son produit est celui de la voyelle inhérente (par définition qui n'est pas écrite). Les consonnes légères ont leur voyelle inhérente proche du a et les lourdes proche du o. Par contre une voyelle seule ne peut pas être utilisée, elle est obligatoirement associée à un consonne.
Avec la voyelle inhérente cela donne 25 x 2 = 50 voyelles, ce qui peut paraître énorme. Le sens de voyelles chez les khmers n'est pas tout à fait celui des linguistes. Par exemple : o court, o long, o suivi de m, o suivi de h, o suivi d'un arrêt glottal constituent 5 voyelles différentes. La langue possède aussi de nombreuses diphtongues.
En plus l'écriture possède aussi des voyelles dites indépendantes, dans le sens qu'elles n'ont pas besoins d'être associées à une consonne, elles ont un son syllabique propre et ne font pas partie de l'alphabet. Il est quelquefois question de les supprimer, certaines ont déjà été remplacées. Techniquement elles pourraient l'être, mais elles ont un intérêt étymologique et historique.
La plupart des consonnes (à part une le ng) se retrouvent aussi en français bien qu'elles ne soient pas absolument identiques; par contre le français en possède certaines qui sont inconnues en khmer (le f, le z entre autres).
Lorsqu'une syllabe contient deux consonnes, la deuxième apparaît sous une forme naine qui est appelée pieds puisqu'elle se trouvent sous la première. Dans ce cas la question est de savoir quelle consonne va imposer son registre à la voyelle.
Ce système peut paraître difficile. Les français ont au milieu du XXe siècle essayé de latiniser cette écriture, sans réussir à l'imposer peut-être à cause du grand nombre de voyelles. Les enfants arrivent à maîtriser ce système qui malgré ses doublons et ses lacunes est adapté à cette langue.