Tout dépend des fichiers que tu souhaites exporter...
Si j'ai bien compris à ta config actuelle, tu fais ça :
- transfères toutes tes données windows sur ton 1er DD
- ensuite formates (et/ou partitionnes..tout dépend ce que tu veux faire..) ton 2ème DD afin d'installer ton futur linux..
de là sois tu partitionnes ton 2ème dd afin de faire booter les 2 OS (comme ça tu as le choix..et le problème de la compatibilité des fichiers ne pose plus..), soit tu consacres un dd pour chaque os..